食用益生菌有以下幾點必須注意，能避免白費功夫，甚至還能達到加倍的效果。
儘量避免的食品跟藥物
以下這些會破壞益生菌的活性，甚至會將益生菌給殺死，因此在食用益生菌時記得避開，要不然吃下的益生菌就白費了。
刺激性飲品
咖啡、酒、可樂、汽水、冰冷飲料等。
高油脂食物
油炸食物、煎煮食物、脂肪含量高的肉類等。
高蛋白質食物
蛋類、魚、動物性肉類（豬、牛、羊等）、低脂牛奶等。高蛋白有助於壞菌的孳生，不利於好菌的生長。
藥物
抗生素，抗生素會將殺益生菌給殺死。
乳鐵蛋白
乳鐵蛋白具有抑制細菌生長的能力，而益生菌也是細菌的一種，所以乳鐵蛋白跟益生菌是不能同時服用的。
多種益生菌混合
益生菌的種類並不是越多越好，因為益生菌也是需要空間生存的，吃下太多種類的益生菌，會讓它們在腸道中彼此競爭打架。根據研究顯示，一次服用的菌種數最好不要超過三種，超過也對身體無益。
儘量配合的食物
益生菌也是需要養分才能生長的，而益生菌的糧食就叫「益生素」，能促進益生菌的活性跟加倍生長。因此食用益生菌時最好能一起服用，能達到更好的效果。
高纖食品及水果
蔬菜、蘋果、鳳梨、橘子等，特別是香蕉、洋蔥、蘆筍、大蒜，效果更好。
適合飲品
寡糖飲料、室溫開水，果汁等，番茄汁尤其可以促進益生菌生長的速率。
含寡糖食物
如香蕉、蜂蜜等。
正確食用時間
- 早餐前空腹
- 晚上睡前空腹
- 如有服用其他藥物時，請於1個半小時至2個小時後食用益生菌
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